Theo thống kê của Bộ Tài chính, số thuế GTGT không được khấu trừ tính vào chi phí của doanh nghiệp phân bón theo Luật Thuế 71 từ năm 2015 đến nay đã lên tới gần 10.000 tỷ đồng. Và đó là một trong các nguyên nhân khiến doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước đang bị tăng chi phí sản xuất và yếu thế cạnh tranh với phân bón nhập khẩu.
Công ty Cổ phần DAP số 2 - VINACHEM (DAP Lào Cai) đã đầu tư khoảng 5100 tỷ đồng cho Dự án Nhà máy sản xuất phân bón Điamôn phốt phát (DAP) số 2 công suất 330.000 tấn/năm. Thời điểm khánh thành nhà máy (năm 2015) cũng là thời điểm Luật Thuế 71 có hiệu lực thi hành (năm 2015). Theo quy định của Luật Thuế 71, thì phân bón thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT, do đó, DAP Lào Cai không được kê khai, khấu trừ thuế VAT đầu vào của các hoạt động đầu tư, mua sắm tài sản cố định… phục vụ cho hoạt động sản xuất phân bón, mà phải tính vào chi phí sản phẩm, khiến giá thành tăng và lợi nhuận giảm.
Trước kia khi cùng phải thu hộ VAT 5% cho nhà nước. Giá bán phân bón đến tay người nông dân của cả 2 mặt hàng phân bón sản xuất trong nước và nhập khẩu sẽ bằng Giá thành + Lợi nhuận + 5% VAT (đầu ra).
Nhưng sau khi Luật thuế 71 có hiệu lực giá bán của 2 loại sẽ biến động khác nhau. Trong khi giá bán của phân bón sản xuất trong nước thành phần VAT 5% được thay bằng VAT (đầu vào) không thấp hơn nhiều về giá trị.
Trong khi đó, giá bán của phân bón nhập khẩu sẽ chỉ còn bằng Giá thành + Lợi nhuận. So với trước giá bán của phân bón nhập khẩu sẽ giảm 5%.
Bà Nguyễn Thị Nguyệt, giám đốc Công ty TNHH Thương mại Tổng hợp Nghĩa An ở Lào Cai, là đơn vị có nhiều năm kinh nghiệm kinh doanh phân bón nông nghiệp, trong đó có nhập khẩu phân bón DAP Trung Quốc cho biết, chỉ khi Trung Quốc có chính sách hạn chế xuất khẩu phân bón, thì Việt Nam mới có cơ hội cạnh tranh được với ông lớn này.
Ngoài việc giảm sức cạnh tranh so với phân bón nhập khẩu và hạn chế khả năng ứng phó khi thị trường biến động, việc không được khấu trừ thuế VAT đầu vào, sẽ khiến các doanh nghiệp ngại đầu tư mở rộng hoặc đổi mới công nghệ sản xuất. Hệ quả có thể nhìn thấy về lâu dài, đó là: nông nghiệp Việt Nam có khả năng lệ thuộc vào phân bón nhập khẩu, ảnh hưởng đến mối quan hệ công nghiệp – nông nghiệp – nông dân và nông thôn.