Trước các ý kiến của ĐBQH về Dự án Luật Thuế XK, thuế NK còn có quá nhiều điều khoản giao Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, các Bộ ngành quy định, Bộ Tài chính cho biết, dự thảo Luật chỉ giao Chính phủ quy định 1 Điều, 2 khoản và giao Thủ tướng Chính phủ quy định 2 nội dung.
Phân tích cụ thể, Bộ Tài chính cho biết, dự án Luật chỉ quy định: Giao Chính phủ quy định chi tiết Điều 16, khoản 7 Điều 3, khoản 2 Điều 19 ( dự thảo Luật gồm 22 Điều). Giao Thủ tướng Chính phủ quy định 2 nội dung là Biểu thuế và Danh mục hàng hóa miễn thuế (khoản 2 Điều 17) và giao Bộ Tài chính, Bộ Công Thương (khoản 3, 4 Điều 15) quy định áp dụng thuế phòng vệ thương mại.
Bên cạnh đó, với đề nghị Chính phủ rà soát kỹ với các luật liên quan đảm bảo sự đồng bộ trong hệ thống pháp luật, trách chồng chéo, quy định thuế suất sàn, xem lại chính sách bảo hộ đối với ô tô con... Bộ Tài chính cho biết, khi trình dự thảo Luật lên các thành viên Chính phủ đã rà soát các luật liên quan như: Luật Đầu tư, Luật Thương mại, Luật Hải quan, Luật Quản lý thị trường, Luật Khoa học công nghệ, Luật Bảo vệ môi trường, Luật Dầu khí…. Dự thảo Luật đã đảm bảo sự thống nhất, đồng bộ.
Trước đề nghị tăng mức thuế suất đối với các mặt hàng nhập khẩu gây ô nhiễm môi trường và các mặt hàng xa xỉ để hạn chế nhập khẩu, qua đó thúc đẩy sử dụng hàng sản xuất trong nước, Bộ Tài chính cho biết, những vấn đề về thuế suất không được quy định tại Luật này. Chính phủ ghi nhận ý kiến của các đại biểu Quốc hội để quy định mức thuế khi xây dựng Biểu thuế cụ thể.
Về Thuế xuất khẩu và nguồn thu về trung ương, để khuyến khích sản xuất hàng hóa xuất khẩu, và quản lý từ địa phương, ĐBQH đề nghị cần có cơ chế hỗ trợ để lại cho địa phương, đồng thời đề nghị nên quy định Quốc hội giám sát về thuế xuất, nhập khẩu để không bị thất thu.
Theo Bộ Tài chính, nội dung này đã được quy định tại pháp luật về Ngân sách và pháp luật về giám sát của Quốc hội. Vì vậy, không quy định tại dự thảo Luật này.