Trên thị trường hiện nay, tình trạng buôn bán phân bón giả, phân bón kém chất lượng diễn biến phức tạp, gây thiệt hại lớn cho người nông dân và các doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước. Kết quả thanh tra ở nhiều địa phương cho thấy, có đến một nửa lượng phân bón bán trên thị trường bị phát hiện là kém chất lượng. Công tác quản lý phân bón lại chồng chéo, mức xử phạt nhẹ... nên phân bón kém chất lượng vẫn cứ ngang nhiên xuất hiện trên thị trường.
Năng lực sản xuất của các doanh nghiệp sản xuất kinh doanh phân bón trong nước hiện nay mới đáp ứng được một nửa nhu cầu phân u-rê trong nước. Theo kế hoạch, đến năm 2012, Việt Nam sẽ có đủ nguồn cung về phân đạm và DAP. Tuy nhiên, đối với phân ka-li và sun-phát, SA thì nước ta vẫn phải nhập khẩu. Nghị định mới về sản xuất, kinh doanh phân bón cũng không hạn chế các thành phần kinh tế tham gia sản xuất kinh doanh phân bón nếu đáp ứng đủ các tiêu chuẩn, quy chuẩn về chất lượng sản xuất. Ðiều này đồng nghĩa với việc vừa bảo đảm phát triển sản xuất phân bón trong nước vừa bảo đảm chất lượng phân bón cung ứng ra thị trường, bảo vệ lợi ích nông dân và những doanh nghiệp kinh doanh chính đáng.
Ðể quản lý chất lượng phân bón cần tập trung vào bốn yếu tố là luật pháp, năng lực của người dân, doanh nghiệp và Hiệp hội Phân bón cùng các cơ quan nghiên cứu khoa học. Về yếu tố luật pháp, trong Nghị định của Chính phủ về quản lý sản xuất kinh doanh phân bón sắp tới sẽ quy định rõ thế nào là phân bón bảo đảm chất lượng, phân kém chất lượng, phân bón giả làm cơ sở cho việc thanh tra xử phạt các trường hợp vi phạm. Ðây được xem là hành lang pháp lý quan trọng trong việc chấn chỉnh thị trường phân bón và xử lý những hành vi vi phạm trong lĩnh vực sản xuất và kinh doanh phân bón làm ảnh hưởng sản xuất nông nghiệp, bảo vệ quyền lợi nông dân và doanh nghiệp làm ăn chính đáng.
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đang phối hợp các ban, ngành liên quan xây dựng Nghị định của Chính phủ về quản lý sản xuất, kinh doanh phân bón, dự kiến trình Chính phủ vào tháng 6 tới. Nghị định mới được xây dựng trên cơ sở sửa đổi Nghị định 113 về quản lý sản xuất kinh doanh phân bón được ban hành vào năm 2003 và Nghị định 191 sửa đổi bổ sung một số điều của Nghị định 113. Một trong những điểm mới của Nghị định lần này, đưa phân bón vào nhóm hàng sản xuất kinh doanh có điều kiện. Theo đó, tổ chức, cá nhân muốn tham gia sản xuất kinh doanh mặt hàng này phải đáp ứng các yêu cầu về giấy phép, chứng minh năng lực sản xuất, trang thiết bị, nhà xưởng, các điều kiện về môi trường...