Thời gian gần đây, các nhà sản xuất phân bón lớn đang có kiếnnghị gửi các cơ quan chức năng xin xếp phân bón vào nhóm hàng hóa thuộc đối tượngchịu thuế GTGT với thuế suất 0% để tiếp tục được hoàn lại toàn bộ thuế GTGT đầuvào. Bên cạnh tình trạng dư cung đã kéo dài các năm qua, ngành phân bón năm2015 còn bị ảnh hưởng tiêu cực bởi yếu tố chính sách.
Ngày 4/12/2014, Bộ Tài chính ban hành Công văn số17709/BTC-TCT đề nghị các cơ quan liên quan triển khai đến các doanh nghiệp, hộkinh doanh nội dung mới về thuế giá trị gia tăng (VAT) được áp dụng từ ngày01/01/2015. Một trong những thay đổi quan trọng của Công văn này việc chuyển mặthàng phân bón được từdanh mục chịu thuế VAT 5% sang danh mục không chịu thuế VAT.
Điểm chung giữa thuế VAT 0% và không đánh thuế VAT là doanh nghiệp không phải thựchiện nộp thuế. Tuy nhiên, điểm khác biệt cơ bản là, nếu thuộc khung thuế suấtVAT 0%, doanh nghiệp vẫn là đối tượng chịu thuế nên phải kê khai thuế VAT đầura và được hoàn thuế VAT đầu vào. Như vậy, nếu thuộc đối tượng không chịu thuếVAT thì doanh nghiệp bán phân bón trong nước cũng không được hoàn thuế GTGT đầuvào. Ngược lại, doanh nghiệp xuất khẩu phân bón (chịu thuế suất 0%) vẫn đượchoàn thuế GTGT đầu vào.
Đại diện một số doanh nghiệp phân bón, chính sách này sẽ tácđộng tiêu cực đến lợi nhuận của các doanh nghiệp. Theo chuyên viên ngành củaRongViet Research đánh giá các doanh nghiệp phân bón sẽ chịu 3 tác động lớn. Thứnhất, doanh nghiệp không còn được hoàn thuế VAT đầu vào, vì thế giá thành sảnxuất có thể tăng lên. Thứ hai, hiện tổng mức đối với thuế phân bón nhập khẩuphổ biến là 11%, trong đó 6% là thuế NK và 5% là thuế GTGT, sau khi miễn thuếGTGT thuế NK phân bón chỉ còn 6%; như vậy, cạnh tranh giữa phân bón sản xuấttrong nước và phân nhập khẩu sẽ gia tăng. Thứ ba, đối với các dự án đầutư, các doanh nghiệp sẽ không còn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào khi mua sắm vậttư, thiết bị…, dẫn đến việc chi phí đầu tư tăng thêm trong khi hiệu quả kinh tếdự án giảm đi. Có thể nói tình hình của ngành phân bón là một lời nhắc nhở về rủiro từ chính sách đến hoạt động của các doanh nghiệp.