Kiến nghị sửa quy định không áp thuế phân bón cũng đã có tờ trình với Thường vụ Quốc hội tại phiên họp thứ 50, Quốc hội khóa 14. Tuy nhiên, do một số lí do, phiên họp cũng chưa thảo luận nội dung này. Thông báo của Ủy ban Thường vụ Quốc hội tại thời điểm đó đề nghị Chính phủ tiếp tục nghiên cứu, bổ sung các đánh giá tác động của việc điều chỉnh thuế suất thuế giá trị gia tăng đến giá mặt hàng phân bón, đến hoạt động của các doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước và đánh giá ảnh hưởng đến người tiêu dùng; hoàn chỉnh Hồ sơ trình Quốc hội xem xét vào thời điểm thích hợp.
Và mới đây, câu chuyện này lại nóng lên khi Bộ Tài Chính đề xuất áp thuế VAT mặt hàng phân bón ở mức 5% khi sửa luật thuế giá trị gia tăng. Dự thảo Luật thuế GTGT đang được lấy ý kiến các bộ ngành. Ghi nhận một số ý kiến xung quanh đề xuất này.
Kinh nghiệm quốc tế cho thấy, mặt hàng phân bón là mặt hàng phục vụ sản xuất nông nghiệp nên chính sách thuế GTGT của nhiều nước được thiết kế theo hướng ưu đãi hơn so với các mặt hàng thông thường khác. Với tình hình trong nước, các chuyên gia khuyến nghị: Chuyển đổi phân bón từ đối tượng không chịu thuế GTGT sang đối tượng áp dụng thuế GTGT 5%.
Theo phân tích của các chuyên gia: Việc áp thuế suất hợp lý với mặt hàng phân bón sẽ giúp sản xuất trong nước có thêm điều kiện để cạnh tranh với phân bón nhập khẩu, từ đó thêm cơ hội để hạ giá phân bón so với phân bón nhập khẩu.
Hiện, Bộ Nông nghiệp đã đề nghị Bộ Tài chính tổng hợp, báo cáo Chính phủ kiến nghị Quốc hội xem xét, sửa đổi Luật GTGT theo hướng phân bón thuộc đối tượng chịu thuế GTGT với mức thuế suất hợp lý để tạo điều kiện hỗ trợ ngành sản xuất phân bón trong nước và không ảnh hưởng đến đời sống nông dân.