Trong lộ trình xây dựng luật Thuế giá trị gia tăng VAT, Bộ Tài chính đề xuất chuyển mặt hàng phân bón từ "đối tượng không chịu thuế VAT" như Luật số 71 hiện hành, sang đối tượng chịu thuế VAT, với mức thuế suất 5%. Lý do là các doanh nghiệp "sản xuất phân bón trong nước" kiến nghị: chính sách không áp thuế VAT từ năm 2015 đang gây ra nhiều khó khăn cho họ.
Cụ thể, do không phải chịu thuế VAT, các doanh nghiệp phân bón cũng không được khấu trừ thuế VAT đầu vào, khiến giá thành phân bón tăng và lợi nhuận giảm.
Năm 2022, Đạm Ninh Bình sản xuất 400 nghìn tấn phân bón. Với sản lượng này, tổng số thuế giá trị gia tăng của nguyên vật liệu, dịch vụ dùng cho sản xuất không được khấu trừ lên đến 214 tỷ đồng. Tính trung bình, mỗi tấn phân bón đã phải gánh thêm chi phí sản xuất là 500 nghìn đồng.
Tương tự, nhiều đơn vị sản xuất phân bón bị tăng chi phí sản xuất do không được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào. Ngay như đơn vị này trung bình mỗi năm không được khấu trừ từ 45 đến 60 tỷ đồng.
Sau 8 năm, việc sản xuất phân bón trong nước buộc phu hẹp quy mô, sản lượng sản xuất. Chỉ tính từ 2015-2022, tổng số chi phí không được khấu trừ của 9 đơn vị sản xuất phân bón của tập đoàn Hoá chất đã là hơn 7.000 tỷ đồng.