Một loại phân bón đáp ứng được tiêu chuẩn của VietGAP đã được Công ty Phân bón Bình Điền nghiên cứu, sản xuất và đưa vào ứng dụng thành công.
Đạm (N) giữ vai trò rất quan trọng trong phân bón, tuy nhiên đây lại là nhân tố gây tồn dư nitrat trong sản xuất, xuất phát từ việc quá lạm dụng nó, bón không cân đối với lân và kali. Ô nhiễm nguồn nước vì hàm lượng nitrat vượt quá quy định một phần xuất phát từ việc bón quá nhiều đạm trong khi hiệu suất hấp thu sử dụng của cây trồng lại thấp.
Nguồn đạm cung cấp cho cây trồng chủ yếu từ urê. Khi urê được bón vào đất, cây trồng muốn sử dụng được phải nhờ men urease phân hủy thành amon (NH4+). Dạng NH4+, cây không kịp sử dụng sẽ rất dễ chuyển hóa thành NH3 (khí amoniac) bay hơi, hoặc chuyển thành dạng nitrat (NO3-), ở dạng này đạm dễ bị rửa trôi (do keo đất chủ yếu là keo âm, không hấp thụ ion âm) hoặc chuyển thành dạng N2 (khí Nitơ) và bay hơi.
Theo Viện Nghiên cứu lúa quốc tế (IRRI) thì cây trồng chỉ sử dụng được 40-45% lượng đạm bón vào đất, lượng đạm còn lại bị mất bằng nhiều con đường khác nhau. Như vậy nếu người nông dân sử dụng quá nhiều phân đạm, bón phân không cân đối sẽ ảnh hưởng đến chất lượng nông sản và môi trường.
Công ty cổ phần Phân bón Bình Điền được các nhà khoa học Mỹ chuyển giao công nghệ đã sản xuất thành công phân bón chuyên dùng cho lúa gồm hai sản phẩm Đầu Trâu TE+Agrotain Lúa 1 và Đầu Trâu TE+Agrotain Lúa 2. Đầu Trâu TE+Agrotain Lúa 1 có thành phần đa trung vi lượng phù hợp giúp cây lúa ra rễ mạnh, đẻ nhánh khỏe, tăng số nhánh hữu hiệu; Đầu Trâu TE+Agrotain Lúa 2 nhờ lượng đạm vừa phải, kali cao, trung vi lượng phù hợp giúp lúa có đòng to, trổ đều, bông lớn và nhiều hạt chắc, giúp tăng năng suất lúa.
Vì vậy, ngay từ vụ hè thu 2010, Công ty cổ phần Phân bón Bình Điền phối hợp cùng Cục Trồng trọt tiến hành xây dựng mô hình sản xuất lúa theo hướng VietGAP tại một số tỉnh đồng bằng sông Cửu Long. Bước đầu cho kết quả rất khả quan. Cụ thể so với ruộng đối chứng mỗi ha nông dân giảm được khoảng 1 triệu đồng tiền phân bón và thuốc BVTV, giảm ngày công lao động, năng suất lúa bình quân đạt 5,79 tấn/ha, cao hơn ruộng đối chứng 0,87 tấn/ha. Giá thành sản xuất lúa theo VietGAP là 2,242 đồng/kg, thấp hơn 534 đồng/kg với đối chứng, lợi nhuận cao hơn đối chứng khoảng 4,5 triệu đồng.
Ngay trong vụ đông xuân 2010 - 2011, các mô hình VietGAP đã được thực hiện rộng từ Tây Ninh, An Giang, Đồng Tháp, Bạc Liêu, Kiên Giang, Hậu Giang với diện tích lên đến trên 1.000ha. Hiện lúa đang chuẩn bị thu hoạch nhưng theo nhận xét của nông dân thì năng suất lúa không dưới 8 tấn/ha, đặc biệt hơn là nông dân giảm được phân bón, thuốc BVTV nên lợi nhuận sẽ tăng cao hơn.