Theo phân tích và đánh giá của Hiệp hội Phân bón Việt Nam, một trong những nguyên nhân khiến giá thành phân bón sản xuất trong nước tăng lên do toàn bộ chi phí phát sinh về thuế V.A.T được các doanh nghiệp tính vào chi phí sản xuất. Từ đó, giá thành sản phẩm sẽ tăng lên và chịu thua thiệt ngay trên sân nhà.