Chính sách miễn thuế VAT với mặt hàng phân bón tưởng là ưu đãi hóa ra ngược đãi. Trước kia mặt hàng phân bón chịu mức thuế VAT 5% nhưng từ năm 2015 trở lại đây, mặt hàng phân bón từ diện áp dụng thuế giá trị gia tăng (VAT) 5% sang đối tượng không chịu thuế VAT theo Luật Thuế 71.
Điều này dẫn đến toàn bộ thuế VAT đầu vào phục vụ cho sản xuất kinh doanh phân bón của các doanh nghiệp không được khấu trừ, do đó doanh nghiệp phải hạch toán phần thuế này vào phần chi phí làm cho giá thành sản phẩm tăng lên từ 5% - 8%.
Kéo theo giá phân bón đến tay bà con nông dân cũng bị tăng theo. Đặc biệt là có những lúc giá phân bón biến động tăng mạnh. Trong bối cảnh giá nông sản bấp bênh, khiến sản xuất nông nghiệp gặp nhiều khó khăn, người nông dân càng thêm “điêu đứng” trong cơn bão giá phân bón.