Hiện nay, cả nước có khoảng hơn 300 doanh nghiệp sản xuất phân bón, các DN tự xây dựng được mạng lưới phân phối riêng đến khâu bán lẻ rất hạn chế. Việc có quá nhiều tầng nấc trung gian dẫn tới khâu kiểm soát giá bán, chất lượng phân bón đang rất lúng túng.
Hiện nay, việc quản lý chất lượng mặt hàng phân bón thuộc 2 ngành, đó là công thương và nông nghiệp. Trong đó, ngành Công Thương quản lý các mặt hàng phân bón có nguồn gốc vô cơ, việc xuất nhập khẩu và kinh doanh phân bón…, còn ngành nông nghiệp quản lý các loại phân bón có nguồn gốc hữu cơ.
Tuy nhiên, theo các chuyên gia, hệ thống phân phối phân bón ở nước ta đang có những bất cập trong khâu tổ chức mạng lưới. Việc quản lý chất lượng phân bón ở các địa phương còn rất bất cập, tạo nên những vết nứt, kẽ hở để các tư thương trục lợi. Có địa phương thì giao phòng trồng trọt, có nơi giao phòng kỹ thuật, hoặc chi cục bảo vệ thực vật, chi cục quản lý chất lượng… Có khi một địa phương lại có rất nhiều đơn vị thanh kiểm tra, doanh nghiệp không biết ai là người quản lý.
Gần đây, tại nhiều tỉnh phía Nam Trung bộ liên tiếp xảy ra tình trạng nông dân mua phải phân bón giả. Đơn cử, cuối tháng 2/2014,
những người trồng dưa tại Phú Yên và Bình Định điêu đứng vì dùng phải phân bón NPK, kali giả khiến vụ dưa gần như mất trắng, chưa kể còn phải cải tạo đất do hậu quả của phân bón giả để lại. Kết quả kiểm nghiệm cho thấy, tổng hàm lượng dinh dưỡng của phân bón giả chỉ đạt 29,2%, thấp hơn nhiều so với phân bón thật (55%). Việc này không chỉ gây thiệt hại cho người nông dân mà còn ảnh hưởng đến uy tín của doanh nghiệp.
Nhiều người cho rằng, để quản lý tốt phân bón thì bên cạnh chế tài quản lý, bản thân người sản xuất, kinh doanh phân bón, cán bộ thanh tra, kiểm tra phải biết rõ về phân bón để giúp cho hệ thống quản lý được hiệu quả. Vì vậy, ngoài các quy định là hành lang pháp lý, các địa phương cần tăng cường cán bộ chuyên trách. Các cơ sở bán lẻ phải được huấn luyện về dinh dưỡng, độc chất trong phân bón và cách bảo quản để đảm bảo chất lượng đến tay nông dân. Thêm nữa, lĩnh vực phân bón có tới 2 bộ cùng tham gia quản lý nhà nước, song việc chưa phân định rõ bộ nào chịu trách nhiệm chính khiến cho việc quản lý còn phân tán và chồng chéo, khó khăn trong việc quy trách nhiệm.
Nhằm nâng cao hiệu quả quản lý chất lượng phân bón, Chính phủ đã ra Nghị định 202/2013/NĐ-CP ngày
Trong khi quản lý chưa thống nhất, đồng bộ, việc quản lý vẫn phải chờ Thông tư hướng dẫn thì phân bón giả vẫn hoành hành và đối tượng chịu rủi ro nhất vẫn là nông dân.