Theo Bộ TN-MT, đáng báo động hiện nay là tình trạng lạm dụng các loại phân bón, thuốc bảo vệ thực vật (BVTV) trong nông nghiệp. Ước tính, mỗi năm hoạt động nông nghiệp phát sinh khoảng 9.000 tấn chất thải nông nghiệp nguy hại, chủ yếu là thuốc BVTV, trong đó không ít loại thuốc có độ độc cao đã bị cấm sử dụng. Ngoài ra, cả nước còn khoảng 50 tấn thuốc bảo vệ thực vật tồn lưu tại hàng chục kho bãi; 37.000 tấn hóa chất dùng trong nông nghiệp bị tịch thu đang được lưu giữ chờ xử lý. Các loại hóa chất BVTV thường được dùng ở liều lượng cao hơn mức khuyến cáo, thêm vào đó là thói quen vứt bừa bãi vỏ, bao bì thuốc BVTV của người dân sau sử dụng ra đồng ruộng, kênh mương làm ô nhiễm môi trường. Dư lượng thuốc BVTV theo nước mưa và nước tưới đi vào nguồn nước, thấm và tích lũy gây ô nhiễm các tầng đất. Theo đánh giá của các chuyên gia môi trường, việc lạm dụng các loại thuốc BVTV còn làm đất bị chua hóa, giảm độ PH và tăng hàm lượng kim loại nặng.